Dans les montagnes du Japon, se trouve un ninja solitaire. Il a senti la présence d'un vieil ennemi devenant à nouveau une menace. Le nom du ninja est Joe Musashi. Son ennemi est Neo Zeed qu'il a déjà vaincu, et qui a un nouveau plan maléfique qui ne peut être arrêté que par Joe Musashi, mieux connu sous le nom de Shinobi !
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