Cela fait maintenant deux ans que le vaisseau de combat super-dimensionnel VIC VIPER a mené l'armée GRADIUS à la victoire face à la mystérieuse horde d'envahisseurs extra-terrestre. Mais soudainement attaquée par une Unité de Forces Spéciales GOFER, l'armée GRADIUS affronte désormais un nouveau danger. Une fois encore, VIC VIPER s'envole vers les étoiles de l'espace infini pour mettre un terme à la terrible menace GOFER...
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