En esta emocionante secuela de The Revenge of Shinobi, Joe Musashi descubre que Neo Zeed - el sindicato del crimen que él creía que había acabado dos años atrás - está todavía está vivo y bien. El regreso de Neo Zeed y su líder, el Maestro de la Sombra misteriosa, forza a Musashi a regresar del exilio y enfrentar el creciente mal. Como Shinobi, el maestro Oboro Ninjitsu, las artes marciales olvidadas, Musashi debe utilizar todos sus poderes para vencer a sus diferentes enemigos. Gracias a sus habilidades de combate y movimientos especiales Ninjitsu, sólo el Shinobi puede frustrar a Neo Zeed y vencer al Maestro de la Sombra.
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