¡Sonic debe derrotar al doctor Robotnik una vez más! Esta vez, Robotnik quiere la Esmeralda Maestra, la más grande y poderosa de todas las Esmeraldas del Caos. Con esta esmeralda, el huevo de la muerte, la última arma de Robotnik tendrá un poder ilimitado y nada podrá evitar que se apodere del mundo. Le toca a Sonic detener los planes de Robotnik, pero no es el único. Knuckles, el guardián de la isla flotante y las Esmeraldas del Caos intenta detenerlo también. Juega como Sonic y Knuckles en 8 zonas nuevas en dos aventuras diferentes. Consigue tantos anillos como puedas, consigue todas las esmeraldas y derrota a los enemigos. El cartucho original se podría combinar con Sonic 3 para jugar el juego tal como fue pensado para ser jugado. Cuando se combina con Sonic 2, serás capaz de jugar con Knuckles para una única experiencia de juego.
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