El planeta Gunstar 9 estaba en paz durante muchos años hasta que el sanguinario dictador, el coronel Rojas, secuestra al hermano mayor de los gemelos Gunstar y utiliza el control mental para convertirlo en su esclavo. Los jugadores se enfrentan a muchos enemigos diferentes y jefes, mientras que luchan por evitar que el dictador desate al "Destructor platado y dorada", con consecuencias apocalípticas.
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