Dr. Eggman (también conocido como Dr. Robotnik) ha tomado el monte Mobius y lo ha convertido en una base mecánica. Él está utilizando la energía del magma que fluye bajo el volcán para hacer funcionar su Veg-O-Fortress. Él tiene el poder de transformar animales indefensos en robots. Sonic the Hedgehog debe acabar con esta fortaleza para liberar a los animales esclavizados. La única manera de que eso ocurra es desencadenando una erupción en el volcán en el que está construido. Sonic sabe que esto se puede hacer mediante la eliminación de las Esmeraldas del Caos que mantiene estable el volcán. Dr. Eggman, sin embargo, también es consciente de la frágil relación que existe entre las esmeraldas y la montaña, y es de establecer un sistema de Defensa Pinball elaboradas para asegurarse de que las joyas preciosas que no vayan a ninguna parte.
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