Luego de derrotar a Sigma y sus Mavericks, X Mega Man sigue la pista de los deshonestos Reploids restantes hasta una fábrica abandonada donde continúan su rebelión. Mientras que Mega Man X se mantiene ocupado por ocho nuevos Mavericks, una nueva amenaza intenta resucitar un arma secreta que es demasiado familiar. Guía a Mega Man X a través de ocho etapas en su búsqueda para destruir a los Mavericks restantes, aumenta sus poderes y descubre la entidad secreta que guia a todos ellos. Además, pilotea poderosos vehículos nuevos, como el vehiculo de ataque móvil. Con la ayuda del buen Dr. Light, descubre increíbles habilidades nuevas ocultas en cápsulas enterradas en todo el mundo. Sólo entonces X estará listo para enfrentarse a su destino como un cazador de Maverick.
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